Le GBIF fournit une modération à 2 niveaux :
1) au niveau de l'entité publiant les données (publisher), par exemple le laboratoire de recherche. Le GBIF s'assure que l'entité fournit des données dans le périmètre du GBIF. Ce contrôle est opéré une seule fois, lors de la création de l'entité déposante.
2) au moment du dépôt de données lui-même. Selon l'outil de dépôt, la modération diffère.
Avec l'utilisation de l'IPT (Integrated Publishing Toolkit, outil facultatif mais recommandé), une validation technique du contenu des données selon le standard Darwin core est automatiquement réalisée : vérification des identifiants, de l'absence de doublons et de la complétude des métadonnées obligatoires et basiques.
Le site GBIF opère ensuite la réconciliation géographique/taxonomique et ajoute un ''flag'' des occurrences.