ArrayExpress

Automatique et humaine. Le dépôt s'effectue via l'outil Annotare. Détails fournis ici : https://www.ebi.ac.uk/fg/annotare/help/submit_exp.html. Des contrôles supplémentaires d'intégrité sont opérés pour les données brutes de séquençage (fastq.gz) avant l'attribution d'un numéro d'accès au jeu de données.

Entrepôt appartenant au réseau ELIXIR d'envergure internationale. Les données sont stockées sur BioStudies et les données brutes sont par ailleurs archivées sans limite de temps sur les serveurs de l'ENA.

Array est une collection de Biostudies. Le dépôt de données génétiques fonctionnelles doit obligatoirement se faire via Array avant d'être indexées dans BioStudies. Les jeux de données comprennent généralement des annotations d'échantillons, des protocoles, des données d'analyse et des données brutes. 

L'ensemble des types d'expériences déposées dans l'entrepôts sont signalées ici : https://www.ebi.ac.uk/fg/annotare/help/experiment_types.html. 

Schéma de métadonnées MIAME ''Minimum Information About a Microarray Experiment'' (https://www.fged.org/projects/miame). 

Formats informatiques acceptés énoncés ici : https://www.ebi.ac.uk/fg/annotare/help/accepted_raw_ma_file_formats.html. 

Attention, pour les données sensibles où il existe un risque d'identification des individus, il est recommandé d'utiliser les services du European Genome-phenome Archive (EGA). 

Embargo : le statut ''privé'' permet par ailleurs de transmettre le jeu de données aux évaluateurs dans le cadre du peer-reviewing. 

Identifiant pérenne fourni : le DOI peut être obtenu sur demande. 

Limite de volume : non-indiqué mais un protocole de dépôt particulier existe pour les jeu de données comprenant plus de 1000 fichiers. https://www.ebi.ac.uk/fg/annotare/help/file_upload.html#direct.