Les guides de l'entrepôt
Métadonnées de sciences de la vie
Ce guide est en cours d'élaboration. Certaines informations sont susceptibles d'être prochainement mises à jour.
Métadonnées de sciences de la vie
Les recommandations internationales sont disponibles dans le portail européen de ressources pour la gestion des données : https://rdmkit.elixir-europe.org/
Type de modèle
Basé sur la métadonnée « Study Design Type » du ISA Model and Serialization Specifications.
Type de modèle, basé sur le modèle expérimental. (Optionnel)
Note : Il s’agit d’une liste de valeurs contrôlées, consulter la liste ci-dessous.
| Case Control | Cas témoin |
| Cross Sectional | Transversal |
| Cohort Study | Étude de cohorte |
| Nested Case Control Design | Modèle de cas témoins hiérarchique |
| Not Specified | Non spécifié |
| Parallel Group Design | Conception de groupes parallèles |
| Perturbation Design | Conception de perturbations |
| Randomized Controlled Trial | Essai contrôlé randomisé |
| Technological Design | Conception technologique |
| Other | Autre |
Étude de cohorte
Autre type de modèle
Basé sur la métadonnée « Study Design Type » du ISA Model and Serialization Specifications.
À remplir si “Other” est sélectionné pour Type de modèle. (Optionnel)
Cliquer sur le bouton (+) pour ajouter un autre type de modèle.
panel de diversité génomique
Type de facteur
Basé sur la métadonnée « Study Factor Type » du ISA Model and Serialization Specifications.
Type de facteur utilisé dans le jeu de données. (Optionnel)
Note : Il s’agit d’une liste de valeurs contrôlées, consulter la liste ci-dessous.
| Age | Age |
| Biomarkers | Biomarqueurs |
| Cell Surface Markers | Marqueurs de surface cellulaire |
| Cell Type/Cell Line | Type cellulaire / Lignée cellulaire |
| Developmental Stage | Etape de développement |
| Disease State | Etat de la maladie |
| Drug Susceptibility | Sensibilité aux médicaments |
| Extract Molecule | Extraction de molécule |
| Genetic Characteristics | Caractéristiques génétiques |
| Immunoprecipitation Antibody | Anticorps d’immunoprécipitation |
| Organism | Organisme |
| Passages | Passages |
| Platform | Platforme |
| Sex | Sexe |
| Strain | Souche |
| Time Point | Point temporel |
| Tissue Type | Type de tissu |
| Treatment Compound | Composé de traitement |
| Treatment Type | Type de traitement |
| Other | Autre |
Caractéristiques génétiques
Autre type de facteur
Basé sur la métadonnée « Study Factor Type » du ISA Model and Serialization Specifications.
À remplir si “Other ” est sélectionné pour Type de facteur. (Optionnel)
Cliquer sur le bouton (+) pour ajouter un autre type de facteur.
Stress
Organisme
Basé sur la taxonomie du NCBI.
Le nom taxonomique de l’organisme utilisé dans le jeu de données, ou dont provient le matériel biologique au départ. (Optionnel)
Note 1 : Il s’agit d’une liste de valeurs contrôlées, consulter la liste ci-dessous.
Note 2 : Il est recommandé de rajouter dans la mesure du possible les organismes étudiés dans les mots clés (« bloc de métadonnées générales ») avec une url vers la taxonomie du NCBI, Catalogue of Life ou TaxRef.
- Arabidopsis thaliana
- Bos taurus
- Caenorhabditis elegans
- Chlamydomonas reinhardtii
- Danio rerio (zebrafish)
- Dictyostelium discoideum
- Drosophila melanogaster
- Escherichia coli
- Hepatitis C virus
- Homo sapiens
- Mus musculus
- Mycobacterium africanum
- Mycobacterium canetti
- Mycobacterium tuberculosis
- Mycoplasma pneumoniae
- Oryza sativa
- Plasmodium falciparum
- Pneumocystis carinii
- Rattus norvegicus
- Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast)
- Schizosaccharomyces pombe
- Takifugu rubripes
- Xenopus laevis
- Zea mays
- Other
Chlamydomonas reinhardtii
Autre organisme
À remplir si “Other” est sélectionné pour Organisme. Nous recommandons vivement d’utiliser la taxonomie du NCBI. (Optionnel).
Il est recommandé de rajouter dans la mesure du possible les organismes étudiés dans les mots clés (« bloc de métadonnées générales »)
Note : En complément, les références suivantes sont recommandées par le centre de référence thématique IFB comme sources fiables pour renseigner les taxons :
Cliquer sur le bouton (+) pour ajouter un autre organisme.
Triticum aestivum
Type de mesure
Basé sur la métadonnée « Study Assay Measurement Type » du ISA Model and Serialization Specifications.
Terme pour qualifier l’objectif, ou ce qui est mesuré. (Optionnel)
Note : Il s’agit d’une liste de valeurs contrôlées, consulter la liste ci-dessous.
| Cell sorting | Tri cellulaire |
| Clinical chemistry analysis | Analyse de chimie clinique |
| Copy number variation profiling | Profilage de la variation du nombre de copies |
| DNA methylation profiling | Profilage de la méthylation de l'ADN |
| DNA methylation profiling (Bisulfite-Seq) | Profilage de la méthylation de l'ADN (Bisulfite-Seq) |
| DNA methylation profiling (MeDIP-Seq) | Profilage de la méthylation de l'ADN (MeDIP-Seq) |
| Drug susceptibility | Sensibilité aux médicaments |
| Environmental gene survey | Enquête en génomique environnementale |
| Genome sequencing | Séquençage du génome |
| Hematology | Hématologie |
| Histology | Histologie |
| Histone Modification (ChIP-Seq) | Modification des histones (ChIP-Seq) |
| Loss of heterozygosity profiling | Profilage de perte d'hétérozygotie |
| Metabolite profiling | Profilage des métabolites |
| Metagenome sequencing | Séquençage du métagénome |
| Protein expression profiling | Profilage de l'expression des protéines |
| Protein identification | Identification de protéine |
| Protein-DNA binding site identification | Identification du site de liaison protéine-ADN |
| Protein-protein interaction detection | Détection d'interaction protéine-protéine |
| Protein-RNA binding (RIP-Seq) | Liaison protéine-ARN (RIP-Seq) |
| SNP analysis | Analyse SNP |
| Targeted sequencing | Séquençage ciblé |
| Transcription factor binding (ChIP-Seq) | Liaison au facteur de transcription (ChIP-Seq) |
| Transcription factor binding site identification | Identification du site de liaison du facteur de transcription |
| Transcription profiling | Profilage de la transcription |
| Transcription profiling (Microarray) | Profilage de la transcription (Biopuce) |
| Transcription profiling (RNA-Seq) | Profilage de la transcription (RNA-Seq) |
| TRAP translational profiling | Profilage traductionnel TRAP |
| Other | Autre |
Profilage de la transcription (RNA-Seq)
Autre type de mesure
Basé sur la métadonnée « Study Assay Measurement Type » du ISA Model and Serialization Specifications.
À remplir si “Other” est sélectionné pour Type de mesure. (Optionnel).
Nous recommandons d’utiliser les termes du Bioportal NCBO.
Cliquer sur le bouton (+) pour ajouter un autre type de mesure.
Séquençage nucléotidique à haut débit
Type de technologie
Basé sur la métadonnée « Study Assay Technology Type » du ISA Model and Serialization Specifications.
Terme utilisé pour identifier la technologie utilisée pour effectuer la mesure. (Optionnel)
Note : Il s’agit d’une liste de valeurs contrôlées, consulter la liste ci-dessous.
| Culture based drug susceptibility testing, single concentration | Test de sensibilité aux médicaments en culture, concentration unique |
| Culture based drug susceptibility testing, two concentrations | Test de sensibilité aux médicaments en culture, deux concentrations |
| Culture based drug susceptibility testing, three or more concentrations (minimium inhibitory concentration measurement) | Test de sensibilité aux médicaments en culture, trois concentrations ou plus (mesure de la concentration minimale inhibitoire) |
| DNA microarray | Puce à ADN |
| Flow cytometry | Cytométrie en flux |
| Gel electrophoresis | Electrophorèse en gel |
| Mass spectrometry | Spectrométrie de masse |
| NMR spectroscopy | Spectroscopie RMN |
| Nucleotide sequencing | Séquençage des nucléotides |
| Protein microarray | Biopuce de protéine |
| Real time PCR | PCR en temps réel |
| No technology required | Sans technologie requise |
| Other | Autre |
Spectrométrie de masse
Autre type de technologie
Basé sur la métadonnée « Study Assay Technology Type » du ISA Model and Serialization Specifications.
À remplir si “Other” est sélectionné pour Type de technologie.
Cliquer sur le bouton (+) pour ajouter un autre type de technologie.
Cristallographie
Plateforme technologique
Basé sur la métadonnée « Study Assay Technology Platform » du ISA Model and Serialization Specifications.
Fabricant et nom de la plateforme technologique utilisée dans l’essai.
Note : Il s’agit d’une liste de valeurs contrôlées.
Illumina
Autre plateforme technologique
Basé sur la métadonnée « Study Assay Technology Platform » du ISA Model and Serialization Specifications.
À remplir si “Other” est sélectionné pour Plateforme technologique. (Optionnel)
Le centre de référence thématique IFB maintient une liste des plateforme sur le catalogue mis en ligne par le Centre de ressources OPIDoR.
Cliquer sur le bouton (+) pour ajouter un autre plateforme technologique.
AVANCE (Bruker)
Type cellulaire
Nom de la lignée cellulaire dont provient la source ou l’échantillon. (Optionnel)
Les types cellulaires peuvent être trouvés en utilisant l'Ontology Lookup Service (OLS).
Cliquer sur le bouton (+) pour ajouter un type cellulaire.
Cellules HeLa
- Grain : PO_0030104
- Tige : PO_0009047
- Racine : PO_0009005
- Feuille : PO_0025034
Type de l'échantillon
Description de l’échantillon. (Optionnel)
Cliquer sur le bouton (+) pour ajouter un autre type de l’échantillon.
Cas d’étude transcriptomique sur le panel de diversité intra-espèces : ARN extrait à partir de feuilles, tiges, racines et épis.
Type de protocole
Type de protocole. (Optionnel)
Cliquer sur le bouton (+) pour ajouter un autre type de protocole.
Fermentation spontanée des laits crus, puis fermentations en série dans du lait stérile ; suivi du pH lors de chaque fermentation et metabarcoding (16S V3-V4) sur les laits crus et après chaque fermentation
Script R qui permettent de traiter les analyses de variants et les cultivars.